高靇神社は、大井田城跡、大峰城跡、峰の薬師城跡などの中世山城と、武家屋敷跡とみられる笹山遺跡との間に位置し、特に大井田城との関係が深いものといわれています。
約12,200平方メートルの敷地にスギ、ブナ、ヒノキなどの樹木が鬱蒼と茂っています。1989年（平成元年）時点でスギ約620本、ブナ・ヒノキなど約60本が認められ、中でもスギは幹周り6m（目通り）、直径2m、高さ35mのものを筆頭に、直径1m以上のものが30本みられます。
現在の高靇神社は、1593年（文禄2年）に字上ノ山の古屋敷より現在地に移して再建したものといわれています（「中魚沼郡誌」より）また、1929年（昭和4年）に沢を挟んだ北にあった十二社を合祀しています。
1989年（平成元年）10月3日に十日町市の天然記念物に指定されました。
